1960年6月 資本金100万円にて株式会社日本機械商事を設立。
本社を東京都千代田区に置く。
1963年6月 靜甲いすゞ自動車株式会社(現・靜甲株式会社)ほか各種自動包装機メーカーの代理店として、液体自動ライン並びに包装機械全般の総合商社の体制を固める。
1965年9月 社名を日本機械商事株式会社と改称、本社を静岡県清水市(現・静岡市)に移転。
1965年11月 大阪支店開設。
1974年3月 福岡営業所開設。
1984年7月 名古屋営業所開設。
1989年1月 東日本、西日本、営業強化のため東日本は東京都千代田区に、西日本は大阪市中央区に日本機械商事株式会社を設立。
東日本は清水支店を清水市(現・静岡市清水区)に、名古屋営業所を名古屋市に置く。西日本は福岡営業所を福岡市に置く。
1999年3月 名古屋営業所を清水支店に統合。
2013年11月 東日本は、本社を千代田区麹町5丁目3番地3へ移転。
2017年6月 日本機械商事(株)西日本を靜甲(株)の連結子会社化。
2019年7月 日本機械商事(株)東日本を存続会社とし、日本機械商事(株)西日本を吸収合併。東京営業本部、大阪営業本部、技術本部、管理本部の4機能本部体制へ移行。
2019年7月 大阪営業本部を大阪市中央区安土町1丁目7番3号へ移転。
2020年4月 福岡営業所を博多駅前1丁目18番6号へ移転。